I этап (2013-2017) Создание отдельных элементов системы управления агломерациейНачало этапу положило назначение на должность врио главы Республики Дагестан Рамазана Гаджимурадовича Абдулатипова, поддержавшего идею юридического создания агломерации, а также смена главы Махачкалы. Произошедшая смена политических приоритетов ярко проявилась в
словах нового главы Махачкалы М.Х. Рабаданова: «в нашем случае агломерация – это не объединение, а совместное проектирование городов, которое позволит увеличить темпы развития данных участков».
В августе 2013 года глава Дагестана Р.Г. Абдулатипов
одобрил проведение международного конкурса на разработку концепции развития агломерации Махачкала-Каспийск. Конкурс стартовал в декабре 2013 года. Победителем конкурса стал институт градостроительства «Гипрогор».
Стоимость конкурса оценивалась в 50-80 миллионов рублей, для финансирования планировалось использовать средства фонда «Диаспора – сила Дагестана». Такой способ финансирования нетипичен для российских агломераций: в большинстве случаев подготовка подобной документации финансируется из бюджета региона или за счет средств региональных и муниципальных бюджетов.
22 мая 2015 года руководство Минстроя Республики Дагестан совместно с представителями Российского института градостроительства «Гипрогор» на Всероссийской конференции представили проект Махачкалинско-Каспийской агломерации. Проект был отобран Минэкономразвития РФ в качестве пилотного.
В рассматриваемый период произошло существенное обновление градостроительной документации на территории Махачкалинской агломерации. В августе 2013 года была принята новая Схема территориального планирования Республики Дагестан, а в 2016 году – утверждены новый генеральный план и Правила землепользования и застройки Махачкалы.